Neo ve Zion'un diğer isyancıları, Matrix'i dönüştürme çalışmalarına başlıyor. Neo'nun kendi gücünün ve misyonun iyice farkına başladığı noktadan başlıyoruz filme. İlk filmde kendisini ve yoldaşlarını ajanların elinden kurtaran Neo, ikinci filmde bütün bir Zion şehrini ve sakinlerini kanatları altına almaya çalışacak.

Bunun içinde ulaşmaları son derece güç olsada Anahtarcı'yı bulmaları gerekmektedir. Bu durum ise düşmanlarına yenilerini katacaktır. Kendisini kopyalayıp, kopyasından bir ordu oluşturan Ajan Smith'e bu sefer İkizlerde katılır.